除了能够征用封国内的卫所兵之外，各地的藩王还能干涉自己封国境内卫所军队的调动。凡是朝廷要调动藩王封国内的卫所军队之时，都会颁布两份“御宝文书”，其中一份要给藩王，另一份则要给守镇官。但是守镇官在得到了皇帝的旨意之后并不能立即发兵，必须要等到藩王的旨意也颁布了下来之后才能发兵，否则“无王令旨，不得发兵”。除此之外，那些开国元勋们要奉旨调动藩王封地内的卫所军队时，也要向藩王汇报一下，之后才能调动军队。这一条的规定，使得亲王成为地方上守军的监视器，亲王也就成了大明皇帝在地方上的军事代表。
第三，各地藩王不仅能亲自率兵作战还能节制勋臣大将。洪武十八年（公元1385年）四月，铜鼓、思州诸势力作乱，朱元璋便命楚王桢与信国公汤和、江夏侯周德兴共同率军征讨。洪武三十年（公元1397年），古州势力发生叛乱，朱元璋则令楚王桢和湘王柏率军出征平叛。在平叛的过程中，由于楚王桢先是请饷三十万，又不亲临军队统率作战，引起了朱元璋极大的不满，严厉的训斥了楚王一顿。可见，洪武一朝藩王受命亲自率兵作战已经成为约定俗成的事情了，如果没有做到的话反而会受到斥责。洪武二十三年（公元1390年）正月朱元璋发动了对北元的第七次北征，此次北征的征讨对象为故元丞相咬住、太尉乃儿不花、知院阿鲁帖木儿等人。此次北伐的统帅则为晋王朱棡和燕王朱棣，同时朱元璋又任命颍国公傅友德为征虏前将军，南雄侯赵庸、怀远侯曹兴为左右副将军，定远侯王弼、全宁侯孙恪为左右参将，共同参与此次北伐。但在北伐过程中，傅友德、赵庸、曹兴、孙恪四人全都要接受燕王的节制，而王弼则要接受晋王的节制。洪武二十六年的时候，朱元璋又规定“凡军中应有机务，一奏朝廷，一启王知，永著于令。”同年，蓝玉案爆发，大批勋臣大将被杀，朱元璋担心军队内人心浮动，专门给晋王和燕王两位王爷下诏“各统所辖都司军马，凡军中赏罚大者以闻，小者从宜处分”，让他们直接接管了军队。