这封迟交的信给陈公博挽回了一点“面子”。何应钦看完信后，即派部下纽先铭前去见冈村宁次，让冈村宁次转告陈公博：主动归国自首。
冈村宁次不愿揽这个麻烦，将中国政府方面的话全部转告给日本外务省了。
9月25日，日本外相召见管理局二部部长大野，对他说：“你还得去金阁寺，要陈公博他们做好回国的准备。你要向陈公博说明我们已尽了最大的努力，但是没有办法再留他们在日本了。”
大野去了金阁寺，陈公博正盼着见到他。见面后两人显得十分热情，可是，客套几句后，双方都沉默不语了。
陈公博凭其感觉，很快猜到大野再度造访想说何事了。于是他说道：“大野先生，您有什么话尽管说吧，我是不会介意的！”
大野这才根据外相的指示，吞吞吐吐地把来意说明。
陈公博听罢稍作思考说：“不就是想让我回去吗？我没什么，我绝无留连之意，通知一到，我便立即动手回国，绝对不会让贵方有所为难。”
10月1日，陈公博等人在日本外务省官员的陪伴下，由京都乘火车前往米子。因途中遇风雨，在福冈又住了一夜，直到10月3日才正式登上飞机。
何应钦派往日本的是一架运输机。除驾驶人员外，还有宪兵连长1人，士兵8人。他们在米子机场逐个验明陈公博等人，检查后送进飞机。有趣的是，押送名单里没有陈公博妻子李丽庄的名字，而李丽庄也到了机场，宪兵不让她上飞机，李丽庄还偏要上，又哭又闹。最后还是陈公博好言相劝，李丽庄才暂时留在日本了。