小课程为每个班单独上，比如国学、道学、佛学、中医、太极拳等基础类课程。也因此每个班的上课时间都有不同，主要是根据各班级的具体情况来安排，所以今天乾班上国学课，明天才轮到坤班上国学课。
至于选修课，学校目前统一安排在每周四、周五的下午上课，学习的内容包括武术、拳法、兵器、冥想、科研实验等，但目前还没有通知同学们选课，所以周四周五下午还是空着的。
此外，仙林学院还保留了军训期间做早课与晚课的传统，早课是早上7点前必须到武学区域练习一套太极拳或金刚功；晚课则是晚上8点前，必须到讲经典一小时以上。
所有课程都有规定的学分，学分分为两类：基础学分和额外学分。
基础学分共计108分，主要是大小课的学分，每学期学科考勤及考核通过则可得分；
额外学分共计72分，包括选修课学分、社会实践学分及其他奖励学分，得分方式很丰富，比如选修课中获得老师青睐，得到了老师的额外加分；或一学期中有两个月均打卡了早晚课，则可获得2学分；亦或者参加校园竞赛、测试排名位列前茅及对学校做出巨大贡献的同学则有奖励学分。
比如宋韵祺本次军训测试中就获得了气力值第一、体力值第二和文化课第28的成绩，共计获得了4个奖励学分；室友们也在文化课前30名，都得到了0.5分奖励学分。
