还有一个令他心惊的事件是他的追随者林柏生和陈君慧两家的狗，同时在一天被毒死。这显然是有人策划的，陈公博感觉到危险日益逼近，他怕被人谋杀。
陈公博逃亡的去向可以多向选择，如南洋、南美等地，他为何选择去了日本？这是因为在困境中见到了日军侵华部队副参谋长今井武夫，而今井武夫又热心帮助他。
日军驻华派遣军副总参谋长今井武夫，于8月20日飞赴湖南芷江，与主持中国地区受降的何应钦接洽受降事宜，8月23日，他返回南京。24日就接到陈公博的电话邀请。
今井武夫驱车进了陈公馆，陈公博见面即问：“今日邀请阁下莅舍相叙，实因未悉阁下芷江之行详情，是否可以见告？”
今井武夫微微欠了一下身子，随后将芷江洽降经过与内容说了一番，却没提及重庆方面对汪伪政权人物的态度。
陈公博听罢不由急躁地发问：
“何应钦是否谈到了南京这方面的事情？”
今井答道：“主席阁下，关于这件事我向何应钦将军询问过，他说尚未接到蒋主席的任何指示。很抱歉，恕我无可奉告？”
陈公博微微叹了一口气，说：“这些年，我们得到贵国政府的盛情协作不少，我和我的同事向贵方表示谢意了！”
话语伤感，似乎触动了今井武夫的感情，他也显得神色黯然，说道：“圣战的失败是无可奈何的事情，今后可能还会牵连到贵方，如果由此发生了不幸的事，我真是感到无比遗憾！”