举殡的时候，太祖亲自执拂恭送。可是偏偏天公不做美，临葬时大雨滂沱，太祖满心的懊丧，又见地上水深盈尺，太祖一头撩衣涉水，口里说道：“皇后一生贤德，恩惠及人，老天倒不能见容吗？”说着露出愤愤不平的颜色来。那应天寺的僧众，各持着幡幢铙钹，随后恭送皇后的灵輀。方丈慧性，见太祖不怿，便随口诵着四句道：“雨洒天下泪，水流地亦哀。西天诸菩萨，来接马如来。”太祖听了，不禁化愤为喜，立命石工把这四句镌在陵前，作为偈语。现在的明孝陵里，这石碣还斑剥可见，这且不提。
再说那太祖丧了太子又丧贤后，心上愈觉得郁郁不乐。因马皇后在日，贤淑知礼，讽谏太祖保全大臣的地方很多。胡维庸的党案，宋濂的儿子宋澻，坐维庸党狱被戮，宋濂也械系入刑部。马皇后闻知，忙来谏太祖道：“宋濂是皇太子的师傅，又是一代大儒，陛下宜施恩见宥。”太祖怒道：“宋濂既属逆党，应受国刑，你们妇女晓得甚事！”说着御厨进膳，马皇后在旁侍食，不能下咽。太祖说道：“卿嫌肴馔不精吗？”马皇后垂泪道：“妾与陛下起身布衣，当日餍粗糠尚甘，今日怎敢嫌肴馔不精呢！不过妾闻宋先生受刑，他曾做诸皇子的师傅，妾这时不觉替诸皇子伤心罢了。”太祖见说，很为感动，随即传谕，赦宋濂出狱。又江南的富翁沈万山，绰号叫作活财神。太祖大兵取了应天（金陵），想筑皇城，只是军饷浩繁，仓库又空虚，一时无力兴工。听得沈万山有钱，便差人和万山商量，借钱来筑城。那沈万山倒很是慷慨，情愿担任城工的一半作为捐助。太祖十分喜悦，就和沈万山分半筑城。到了结果，沈万山的一半比太祖先完工三天。太祖面子上虽赞美万山，心里却已生了嫉妒。恰巧沈万山修筑姑苏的街道，采山石砌路，极其讲究。太祖微服出行，听得了这个消息，便说他擅掘山脉，下旨处沈万山死罪。马皇后又谏道：“沈万山捐资筑城，于国家不为无功。总有死罪，应将功抵赎。”太祖说道：“沈万山是个平民，富与国家相埒，他恃财作着威福，在地方是为民妖，历任是为蠹吏，怎可不与诛戮。”马皇后争道：“妾只知民富乃国强，也正是国家之福。未闻有民富即为妖，须加以诛戮的。这样说来，天下只有贫民，不许有富民了？民贫国家还能够强盛吗？怕国也要成贫国了。”太祖被马后一驳，弄得无可回答，于是立命将沈万山释放。