但是，听说洋鬼子又要进钦天监，本来已经病了的杨光先，忍不住还是跳将出来，急不择言地上书：“臣监之之历法，乃尧舜相传之法也，皇上所正之位，乃尧舜相传之位也”，“今南怀仁，天主教之人也，焉有法尧舜之圣君，而法天主教之法也？南怀仁欲毁尧舜相传之仪器，以改西洋之仪器；使尧舜之仪器可毁，则尧舜以来之诗书礼乐、文章制度皆可毁也。”他甚至危言耸听：“若将此九十六刻历日颁行，国祚短了，如用南怀仁，不利子孙。”
不过，经过“观象台测验立春、雨水、太阴、火星、木星，结果南怀仁‘款款皆符’。因此，议政王等会议主张将康熙九年历法，交由南怀仁推算。”康熙在这场“中西历法之争”中，“持谨慎态度”，据《清史稿》载：“圣祖尝言，当历法争议未已，己所未学，不能定是非，乃发愤研讨，卒能深造密微，穷极其阃奥。”他明白了孰是孰非，便作出抉择。终于在这年三月，先“授南怀仁为钦天监监副”，八月，又“授南怀仁为钦天监监正”。一方面，给汤若望冤案平反，另一方面，尽管受害人上告，杨光先依附鳌拜，捏词陷人，康熙倒也没有惩治这个棍徒，放了他一马。
