长安距离汴州路途遥远，不便于直接控制，朱温担心又生出别的事端，而且他急于获取权力，就决定强迫唐昭宗李晔迁都洛阳。李晔因为在朝廷中失势，无奈之下只能对朱温唯命是从，顺从了朱温的意思。于是朱温拆毁了建在长安的宫殿、房屋，将木料顺着渭水漂下，在洛阳重新建造了宫殿。他还下令让长安的百姓按照户籍迁移到洛阳，大家得知后哭声一片，有的百姓咬牙切齿地骂道：“都是逆臣贼子朱温背叛了朝廷，害得我们流离失所。”尽管嘴上骂，但还是被驱赶着离开了家乡。
从长安至洛阳的途中，李晔身边还有二百多个从长安带来的侍从，对于这些人，朱温很不放心，命人把他们灌醉后全部坑杀，然后换上年貌、身高相当的二百多个人顶替，李晔最初没有发现，后来才有所察觉。等到李晔到达洛阳时，唐朝宫廷本来的六军侍卫基本上已经处于解散状态了，在李晔身边负责保护的卫士和宫中之人全部都是朱温派来的。在这种情况下，李晔已经成为了真正意义上的孤家寡人，被朱温牢牢控制在手心中。
朱温强迫李晔迁都洛阳后，河东的李克用、凤翔的李茂贞、西川的王建、襄阳的赵匡凝等地方势力强强联手组成了一个联盟，以复兴唐室讨伐朱温为名，倡议天下。为了反击，朱温决定举兵西讨，又担心李晔会有所举动，于是决定杀死李晔，另立新君。他指示左龙武统军朱友恭和右龙武统军氏叔琮、枢密使蒋玄晖等人，乘着夜深人静，以入宫奏事为名，率兵进入宫内谋杀唐昭宗李晔，李晔惊醒后穿着单衣躲在殿内的柱子后，被发现后惨遭杀害，年仅三十八岁。朱友恭等人本来还要杀何皇后，她苦苦哀求才免于一死。