后来他和董卓交恶，至少表面上是交恶，董卓进京的时候他有机会阻止的，他没有动，所有人反董的时候，他跪拜董卓，当士人刺杀董卓的时候，没人敢叫他，荀爽、曹操、王允都干过这事情，作为大汉第一武将，没有人找过他。
当董卓被王允、吕布杀死之后，灭董卓全族的时候，史书记载一个有趣的事：董卓的母亲已经年过九十，走到郿坞门口，向皇甫嵩请求免死，皇甫嵩不肯，将其斩首。
按大汉律法：年在耄悼，礼不加刑。就是说，岁数达到八十岁以上，七岁以下，可以免除刑罚的，董母年逾九十，是可以免除刑罚的，可以逃脱一死。
这就是皇甫嵩人品啊！典型欺软怕硬，这长社之围，皇甫嵩马上出谏言书，如果陛下真的答应了，就如史书记载，一代名将长记史册，这是谏言书么？一个忠臣会在这种时候谏言么？这是逼迫天子！宁愿躲在长社里面谏言，天子答应了就出来横扫外面二十万，之前做什么了？不答应呢？说白了就是逼迫天子，这就是所谓的一代忠臣，留名史册，这就是所谓的东汉末年第一名将的风采。
