城镇董事会设总董1名，董事1-3名，均经城镇议事会选举，由地方官任命，任职2年，任满改选；另设名誉董事4-12名，由城镇议事会选任，任期2年，每年改选半数。城镇董事会为执行机关，应办事项有四：一是议事会议员选举及其议事之准备，二是议事会议决各事之执行，三是以律例章程或地方官示谕委任办理各事之执行，四是执行方法之议决。城镇董事会会议每月召开一次，以总董为议长。会议非董事会职员全数2/3以上到会，不得议决；议事可否，以到会职员过半数之所决为准。
乡董每乡1名，另设乡佐1名，由乡议事会选举，呈请地方官任命，任期2年，任满改选。乡董职权与城镇董事会同。
城镇、乡的地方自治经费出自地方，地方自治的实行由地方行政官监督。
《城镇乡地方自治章程》颁布后，清末地方自治从此进入实质性的实施阶段。
为了讲习与宣传地方自治知识、培养地方自治人才、促使地方自治顺利推行，1909年5月，清政府颁布《自治研究所章程》，准许设立自治研究所。章程规定，各省城及府、厅、州、县应各设一所自治研究所，设立自治研究所的目的是讲习自治章程，造就自治职员。除各省官设自治研究所为模范外，各地士绅自愿照章设立者，必须呈明核管官批准照办。自治研究所讲授各项科目如下：一是奏定宪法纲要，二是法学通论，三是现行法制大意，四是谘议局章程及选举章程，五是城镇、乡地方自治章程及选举章程，六是调查户口章程，七是其他奏定有关自治及选举各项法律章程，八是自治筹办处所订各项筹办办法。另外，自治研究所还应将城镇乡应办自治各事，“演为白话，刊布宣讲，以资劝导”。省城自治研究所的学员由各府厅州县按届选派士绅，每属每届至少2人；府、厅、州、县自治研究所的学员由各城镇乡选派士绅次第入所。官设自治研究所每届学习期限8个月，办完2-3届即行裁撤。地方士绅自办各所不在此限。