小刀会起义后，位于租界内的上海海关为群众所捣毁。外国侵略者乘势派兵予以占据，清政府海关职员逃避一空。9月9日，英国驻上海领事阿礼国在征得美国公使马沙利的同意后，在上海海关实行了“领事代征”制度，由英、美领事代替中国海关向英、美商人征税，从而开始染指中国海关，控制中国关税。1854年6月29日（咸丰四年六月初五日），上海道吴健彰与英、美、法三国领事订立《上海海关协定》9条，同意聘用外国人任海关监督的助手，英、法、美三国各派一人组成关税管理委员会，海关各级属员由委员会选用；外国船舶进口仍由领事报关征税；海关购置武装缉私船一艘，由外国人担任船长等。而当做交换条件之一的缴还欠税，其中英国部分为40多万两，后来借口中国政府未尽到保护上海英商的责任而一笔勾销；美国欠税30余万两，拖延两年多只交出7.3万余两，其余以代征手续费和其他借口，也一起赖掉了。7月12日，上海海关关税管理委员会成立，英国领事指派其副领事威妥玛、美国派出其驻领馆武官卡尔、法国派出其领事馆译员斯密司出任税务司。从此，中国海关由外国人管理的殖民地制度初步形成，上海海关便完全被列强控制了。关税征收和海关管理关系到国家的财政命脉。西方列强通过不平等条约破坏中国关税自主权，攫夺中国海关行政管理权，操控关税，纵容走私，对中国经济发展造成空前危害，也使清政府财政由独立自主逐步向依赖外国殖民统治机构转变。这一严重损害中国国家主权之举，也促使中国封建统治与外国殖民统治势力互相勾结、联合掠夺中国社会财富、镇压中国人民反抗斗争局面的形成。