刘知几对旧史的批判，绝不徒托空言，而是有理有据。刘知几认为史家以“彰善瘅恶”为指归，“实录”、“直书”是史家最基本的价值取向，但在旧史，往或因统治者对修史的干预，或因史家的政治偏见、阿谀心态，或因修史者喜好标新立异，造成许多曲笔与虚妄之处，史学研究的首要任务是求实、存真。求实是批判的目的，批判是求实的手段，批判精神与求实精神融为一体，这是《史通》的基本创作方法。
《史通》对旧史的批判，主要是从历史编纂学的角度，评论其得失。但更能体现刘知几文化精神的是他对传统思想的怀疑与批判，对五行灾异、鬼神迷信思想的驳斥。
从汉代以来，孔子被视为“神而先知”的大圣人，成了我国封建时代的精神主宰，而儒家经典则成为人们必读的教科书。在史学领域，自董仲舒、刘向父子以阴阳五行解释历史之后，班固又在《汉书》中特设《五行志》，神学史观在史学领域中投下了浓厚的阴影。思想文化领域中的每一个制作，几乎都要直面这种思想阴影的笼罩。东汉王充首先向传统思想发起挑战，刘知几继承王充《论衡》“问孔”、“刺孟”的怀疑批判精神，写出了《疑古》、《惑经》及《〈汉书·五行志〉错误》[63]等战斗性极强的篇章。首先，他认为孔子虽然是一位“大圣大德”的伟人，但“尺有所短，寸有所长，其间切磋酬对，颇亦互闻得失”。接着就对孔子删订的六经提出批评，说《尚书》“略举纲维，务存褒讳，寻其终始，隐没者多”，并且对一些重要史事“芟夷不存”，有“理有难晓”之弊。而孔子修《春秋》“皆遵彼乖僻，习其讹谬，凡所编次，不加刊改”，以至“巨细不均，繁省失中”，“真伪莫分，是非相乱”，进而责问：“圣人立教，其言若是，”怎么可以称得上是“良史”呢？刘知几还对历代推崇的三皇五帝夏商周时代一些史事提出自己的看法。他认为古史记述的尧舜禹“禅让”是很值得怀疑的，他依据《山海经》“放勋之子为帝丹朱”的说法，推测尧舜“禅让”实际上是“舜废尧，仍立尧子，俄又夺其帝”；他依据《虞书·舜典》舜死于苍梧之野的说法，认为：苍梧地接五岭，地气瘴疠，舜在垂暮之年，远涉不毛之地，以至湘妃泪洒斑竹，哀怨幽恨而死，说明实际上舜是被禹放逐，老死于苍梧。正统思想往往言必称尧舜，刘知几揭穿了尧舜禹禅让的谎言，这种不盲从迷信、敢于怀疑的精神，不仅是一种可贵的治学方法，而且也反映了刘知几反对复古主义、主张历史进步的进步历史观。